Author Topic: faults in run with jobbsse  (Read 3537 times)

Jandir

  • Jr. Member
  • **
  • Posts: 21
  • Karma: +0/-0
faults in run with jobbsse
« on: March 23, 2014, 10:28:19 pm »
I have tried run jobbsse but I haven`t sucess yet. My system has 102 atoms. This is my output after did run defien:

1_ghosts  auxbasis  coord.init             define.out.supermol  GEO_OPT_CONVERGED  job.start  monomer3       original            SGE_turbo_SMP_local  slave1.output  slave5.output  slave9.output
2_ghosts  basis     define_input           dscf.out             gradient           master     mos            outfile.2406484     slave10.output       slave2.output  slave6.output  supermol
3_ghosts  control   define_input.supermol  energy               hessapprox         monomer1   not.converged  ridft.out.supermol  slave11.output       slave3.output  slave7.output  tmp
adc2.out  coord     define.out             f.temp               job.last           monomer2   options        runcalcs            slave12.output       slave4.output  slave8.output

OUTPUT AFTER RUN JOBBSSE:

data group $actual step is not empty
 due to the abend of dscf

 check reason for abend ...

 use the command  'actual -r'  to get rid of that
 ========================
  internal module stack:
 ------------------------
    bsseenergy
 ========================
 CONTRL dead = actual step
 bsseenergy ended abnormally
 bsseenergy ended abnormally
 program stopped.
 error in initial setup step... aborting

After type "actual -r"

dscf step seems to have been in serious trouble

My jobex is

##########################################
echo "STARTING AT " `date`

# jobex -ri -c 10
# aoforce > freq.out
## ********** GEOMETRY OPTIMIZATION CC2 ********************************
     jobex -ri -c 700
#    jobex -ri -level mp2 -c 700
     jobbsse -ri ľopt
## *********************************************************************
## ********** SINGLE POINT CC2 *****************************************
#    dscf  > dscf.out
#    aoforce > aoforce.out
      dscf> dscf.out
      ricc2 > adc2.out
#    jobex -c 4000 > jobex.out


## *********************************************************************
echo "FINISHED AT " `date`
##########################################

Any help is welcome.

Jandir

antti_karttunen

  • Sr. Member
  • ****
  • Posts: 200
  • Karma: +1/-0
Re: faults in run with jobbsse
« Reply #1 on: March 24, 2014, 08:45:56 am »
Hi,

please post the contents of dscf.out and slave1.output. The actual error message should be in there.

Antti

Jandir

  • Jr. Member
  • **
  • Posts: 21
  • Karma: +0/-0
Re: faults in run with jobbsse
« Reply #2 on: March 24, 2014, 12:15:25 pm »
slave.1.output


operating system is UNIX !
 hostname is         r28n24

   OpenMP run-time library returned nthreads = 12

 dscf (r28n24) : TURBOMOLE V6.4 3 Apr 2012 at 09:58:30
 Copyright (C) 2012 TURBOMOLE GmbH, Karlsruhe


    2014-03-21 14:56:07.840

 Program dscf can not use the RI-J approximation.
 Please either use the ridft program or delete the option $rij
 from your control file.

 MODTRACE: no modules on stack

 Option $rij found!
 dscf ended abnormally

 ridft (r28n24) : TURBOMOLE V6.4 4 May 2012 at 11:14:21
 Copyright (C) 2012 TURBOMOLE GmbH, Karlsruhe
    2014-03-21 14:47:59.482

                                  r i d f t

                        DFT program with RI approximation
                                for coulomb part

                                 References:
                                                              6,1           Top

par_setmem:               39321600               1310720 F
 MA:  Allocated stack:    10.00000      MB/processor
 SHM: Allocated heap :    300.0000      MB/processor
 ********** GlobalArray OPTION SETTINGS : **********
 default distributed memory heap/proc      =     39321600
 default distributed memory stack/proc     =      1310720
 *****************************************************
  Distributing input file(s)


              +--------------------------------------------------+
              |      general information about current run       |
              +--------------------------------------------------+



 SCF run will be profiled !

 PBE functional
 exchange:    LDA + PBE
 correlation: LDA (PW) + PBE
 A DFT calculation using the RI-J approximation will be carried out.
 Allocatable memory for RI due to $ricore (MB):           0
 Multipole approximation for Coulomb integrals is used


              +--------------------------------------------------+
              | Atomic coordinate, charge and isotop information |
              +--------------------------------------------------+

    +--------------------------------------------------+
              | Atomic coordinate, charge and isotop information |
              +--------------------------------------------------+


              atomic coordinates              atom shells charge pseudo isotop
   -12.12127448   -3.01799476   -1.97120476    c     11    6.000    0     0
   -10.18663832   -2.09010464   -0.44540631    c     11    6.000    0     0
   -11.17541909    0.64369696    1.10393693     s     14   16.000   0     0
   -14.15322743    0.53046313   -0.29048713    c     11    6.000    0     0
   -14.33049683   -1.55876588   -1.88493565    c     11    6.000    0    0
   -16.01451136    2.42439695    0.25356511     c     11    6.000    0    0
   -18.97510395    2.35104682   -1.18005674    s     14   16.000   0     0
   -19.96028422    5.07769499    0.38511864    c     11    6.000    0     0
   -18.03692048    5.97338869    1.94409101    c     11    6.000    0     0
   -15.83989481    4.49632941    1.87099091    c     11    6.000    0     0
    -7.69099501   -3.07402668   -0.07155944    c     11    6.000    0     0
    -6.70636943   -5.78873519   -1.63681191    s     14   16.000    0     0
    -3.71455941   -5.65316635   -0.24255106    c     11    6.000    0     0
    -3.55607007   -3.55565226    1.36721081    c     11    6.000    0     0
    -5.76415458   -2.11954223    1.46591042    c     11    6.000    0     0
   -22.43648975    6.09942079   -0.01381672    c     11    6.000    0     0
   -23.37629747    8.84742977    1.52091536    s     14   16.000    0     0
    -26.35787167    8.76676609    0.10178480    c     11    6.000    0     0
   -26.54737784    6.65965564   -1.49181086    c     11    6.000    0     0
   -24.37043525    5.17414001   -1.56037527    c     11    6.000    0     0
    -1.70715538   -7.37676317   -0.65232373    c     11    6.000    0     0
    -1.59091289   -9.49380561   -2.17499988    c     11    6.000    0     0
    -3.64775272  -10.33888052   -3.68726647    c     11    6.000    0     0
    -5.34334233  -11.02224231   -4.92437680    n     11    7.000    0     0
   -28.32214878   10.54839428    0.47273287    c     11    6.000    0     0
   -28.38977063   12.68893917    1.96460071    c     11    6.000    0     0
   -30.61080472   14.21144889    2.02668747    c     11    6.000    0     0
   -32.43661545   15.44878477    2.06515434    n     11    7.000    0     0
   -26.32183330   13.49208296    3.48485677    c     11    6.000    0     0
   -24.61852980   14.14161134    4.72946365    n     11    7.000    0     0
     0.68065781  -10.93710995   -2.28556208    c     11    6.000    0     0
     2.55458989  -12.09880169   -2.36366594    n     11    7.000    0     0
   -28.25945613    6.25754921   -2.56162286    h      6    1.000    0     0
    -1.83903996   -3.11978885    2.41601341     h      6    1.000    0     0
   -16.03229506   -2.00060933   -2.95451529    h      6    1.000    0     0
    -5.98488583   -0.42534326    2.61221813     h      6    1.000    0     0
   -18.24155635    7.66103123    3.10429209     h      6    1.000    0     0
     0.01183732   -6.94535553    0.40871916      h      6    1.000    0     0
   -14.14909234    4.91107020    2.96841058    h      6    1.000    0     0
   -30.04445634   10.15332056   -0.59641408    h      6    1.000    0     0
   -24.17616286    3.46705369   -2.69223514    h      6    1.000    0     0
   -11.91666673   -4.71622472   -3.11584619    h      6    1.000    0     0
     9.75587657   -0.04167243   -6.54208920    c     11    6.000    0     0
     9.54284914    2.41892183   -5.60032926    c     11    6.000    0     0
     7.78670738   -1.88350298   -6.02846940    c     11    6.000    0     0
    12.17294124   -1.33926037   -6.45790902     c     11    6.000    0     0
     7.35229568    3.13202189   -4.10879747     c     11    6.000    0     0
    11.73851752    3.67605143   -4.53804163     c     11    6.000    0     0
     5.67598233   -1.19611463   -4.59512774     c     11    6.000    0     0
    11.69727810   -3.98279342   -5.89285246    c     11    6.000    0     0
     8.19456510    4.82918441   -2.12259092     c     11    6.000    0     0
    14.28741951   -0.12815559   -5.43429774    c     11    6.000    0     0
   8.98653778   -4.31901207      -5.62631485   c     11    6.000    0     0
     5.45505264    1.35842006   -3.61603978    c     11    6.000    0     0
    14.06595440    2.42608853   -4.45602534    c     11    6.000    0     0
    10.90506436    5.16578359   -2.38819654    c     11    6.000    0     0
     4.68837788   -2.91904182   -2.70129827    c     11    6.000    0     0
    13.35323156   -5.31689307   -4.32424254    c     11    6.000    0     0
     7.10920381    4.69220309    0.28335465    c     11    6.000    0     0
    16.00773202   -1.51445693   -3.80624850    c     11    6.000    0     0
     8.03392056   -5.97853941   -3.80516311    c     11    6.000    0     0
     4.32860577    1.21543879   -1.11667152    c     11    6.000    0     0
    15.65020007    2.61897975   -2.22244421    c     11    6.000    0     0
    12.43043318    5.35115102   -0.23706176    c     11    6.000    0     0
     3.85525695   -1.42851076   -0.55192220    c     11    6.000    0     0
     5.84549728   -5.26312468   -2.31339951    c     11    6.000    0     0
    12.36298113   -7.03951895   -2.43156591    c     11    6.000    0     0
    15.54904543   -4.05973215   -3.26185023    c     11    6.000    0     0
     8.69261140    4.88368549    2.51628626    c     11    6.000    0     0
     5.14078412    2.84955137    0.79633208    c     11    6.000    0     0
    16.84963596    0.18358655   -1.82126223    c     11    6.000    0     0
     9.75332704   -7.36464486   -2.17706187    c     11    6.000    0     0
    14.84876931    4.05422674   -0.15275042    c     11    6.000    0     0
    11.30302118    5.20665416    2.26104627    c     11    6.000    0     0
   4.20674844   -2.33986593    1.90659404    c     11    6.000    0     0
     6.21112739   -6.20953456    0.23686278    c     11    6.000    0     0
    13.94675008   -6.84731393   -0.19878657    c     11    6.000    0     0
    15.91571681   -5.00556260   -0.71183833    c     11    6.000    0     0
     7.70279151    3.16136675    4.40953245    c     11    6.000    0     0
     5.50726638    1.90406908    3.34678126    c     11    6.000    0     0
    17.20254342   -0.72699410    0.63499172    c     11    6.000    0     0
     8.62707756   -7.50914291    0.32073977    c     11    6.000    0     0
    15.21408779    3.10811435    2.39764895    c     11    6.000    0     0
    13.02373664    3.82043031    3.88908703    c     11    6.000    0     0
     5.40643983   -4.77721864    2.30825627    c     11    6.000    0     0
     5.04870957   -0.64169657    3.89267102    c     11    6.000    0     0
    12.86219746   -6.98646848    2.20703175    c     11    6.000    0     0
    16.72766356   -3.37064780    1.19991517    c     11    6.000    0     0
     9.35942881    1.82576774    5.97667706    c     11    6.000    0     0
    16.36849021    0.76262693    2.78395530    c     11    6.000    0     0
    10.15145958   -7.32217875    2.47135542    c     11    6.000    0     0
    12.07050331    2.16199194    5.71186950    c     11    6.000    0     0
     6.98933081   -4.58384846    4.54336447    c     11    6.000    0     0
     6.76878437   -2.02943012    5.52015286     c     11    6.000    0     0
    13.70411059   -5.28844253    4.19198202    c     11    6.000    0     0
    15.60052276   -3.51457740    3.69849740    c     11    6.000    0     0
     8.88393078   -0.81768145    6.54314688     c     11    6.000    0     0
    15.37858766   -0.95951060    4.67699318    c     11    6.000    0     0
     9.31807683   -5.83176451    4.62145537     c     11    6.000    0     0
    13.27015110   -0.27276071    6.11412981    c     11    6.000    0     0
    11.51327493   -4.57470559    5.68367959    c     11    6.000    0     0
    11.30059947   -2.11479864    6.62742938    c     11    6.000    0     0


     center of nuclear mass  :    0.27437892   -0.02777331   -0.00026015

     center of nuclear charge:    0.15013709   -0.01519766   -0.00059189


              +--------------------------------------------------+
              |               basis set information              |
              +--------------------------------------------------+

 we will work with the  1s 3p 5d  7f  9g ... basis set
              ...i.e. with spherical basis functions...


   type   atoms  prim   cont   basis
   ---------------------------------------------------------------------------
    c       84     46     31   def2-TZVPP   [5s3p2d1f|11s6p2d1f]
    s        4     63     42   def2-TZVPP   [5s5p3d1f|14s9p3d1f]
    n        4     46     31   def2-TZVPP   [5s3p2d1f|11s6p2d1f]
    h       10     16     14   def2-TZVPP   [3s2p1d|5s2p1d]
   ---------------------------------------------------------------------------
   total:  102   4460   3036
   ---------------------------------------------------------------------------

   total number of primitive shells          :   75
   total number of contracted shells         : 1084
   total number of cartesian basis functions : 3510
   total number of SCF-basis functions       : 3036

 integral neglect threshold       :  0.95E-11
 integral storage threshold THIZE :  0.10E-04
 integral storage threshold THIME :         5

 RI-J AUXILIARY BASIS SET information:

   we will work with the  1s 3p 5d  7f  9g 11h 13i auxiliary basis set
   ...i.e. with spherical basis functions...

   type   atoms  prim   cont   basis
   ---------------------------------------------------------------------------
    c       84     70     49   def2-TZVPP   [6s4p3d1f1g|12s5p4d2f1g]
    s        4     77     51   def2-TZVPP   [8s4p3d1f1g|14s5p5d2f1g]
    n        4     70     49   def2-TZVPP   [6s4p3d1f1g|12s5p4d2f1g]
    h       10     16     11   def2-TZVPP   [3s1p1d|5s2p1d]
   ---------------------------------------------------------------------------
total:  102   6628   4626
   ---------------------------------------------------------------------------

   total number of primitive shells          :   83
   total number of contracted shells         : 1438
   total number of cartesian basis functions : 5740
   total number of SCF-basis functions       : 4626


 symmetry group of the molecule :   c1

 the group has the following generators :
   c1(z)
1 symmetry operations found

 there are 1 real representations :   a

 maximum number of shells which are related by symmetry :  1


    mo occupation :
   irrep   mo's   occupied
    a     3036      303

 number of basis functions   :         3036
 number of occupied orbitals :          303


           ------------------
           density functional
           ------------------
 PBE functional
 exchange:    LDA + PBE
 correlation: LDA (PW) + PBE
 iterations will be done with small grid

spherical integration : Lebedev's spherical grid
 spherical gridsize    :           4
    i.e. gridpoints    :         434
 value for diffuse not defined
 radial integration    : Chebyshev 2nd kind (scaling 3)
 radial gridsize       :           6
 integration cells     :         102
 partition function    : becke
 partition sharpness   :           3


 biggest AO integral is expected to be     9.804440325

           ------------------------
               RI-J - INFORMATION
           ------------------------
+---------------- Multipole Accelerated RI-J ---------------+
    -------------------------------------------------------------
      Number of bins for density partition        :  8
      Maximum multipole moment used               : 14
      Multipole precision parameter               :  1.0000E-08
      Threshold for moment summation              :  1.0000E-24
      Minimum separation between boxes            :  0.0000E+00
      Maximum allowed extent                      :  2.0000E+01
    +-----------------------------------------------------------+

 Extensions and centers of shell-pairs:
  number of shells with a single center:   191709
  number of shells with double centers:     14543
 Memory core needed for (P|Q) and Cholesky     82 MByte on GA
 Memory core minimum needed except           9 MByte

 ****************************************
 Memory allocated for RI-J 9 MByte
 plus additional 0 MByte (integrals) (GA)
 plus additional 82 MByte (pqmatrix)  (GA)
 ****************************************
PQ decomposition by par_ichol        4626

          ------------------------
          nuclear repulsion energy  :   15168.6065892
          ------------------------


          -----------------
          -S,T+V- integrals
          -----------------

 1e-integrals will be neglected if expon. factor < 0.952126E-12

   Difference densities algorithm switched on.
   The maximal number of linear combinations of
   difference densities is          20 .

 automatic virtual orbital shift switched on
      shift if e(lumo)-e(homo) < 0.10000000

 DIIS switched on: error vector is FDS-SDF
 Max. Iterations for DIIS is     :   4
 DIIS matrix (see manual)
    Scaling factor of diagonals  :  1.200
    threshold for scaling factor :  0.000

 scf convergence criterion : increment of total energy < .1000000D-05
                  and increment of one-electron energy < .1000000D-02

  MOs are in ASCII format !


 reading orbital data $scfmo  from file mos .

 orbital characterization : scfconv=6

 mo-orthogonalization by Cholesky decomposition

 DSCF restart information will be dumped onto file mos

Starting SCF iterations

          Multipoles:
             mktayshl: transb used        2667 times; moments skipped     0
             mktayaux: transb used       33239 times; moments skipped     0
 non-zero weights=       32253
          Overall gridpoints after grid construction =        332867

 ITERATION  ENERGY          1e-ENERGY        2e-ENERGY     NORM[dD(SAO)]  TOL
   1  -5014.9544354648    -37067.644903     16884.083879    0.000D+00 0.950D-11
                            Exc = -585.865814621     Coul =  17469.9496934
                              N = 605.99906094
                            current damping = 0.700

          max. resid. norm for Fia-block=  2.151D-03 for orbital    211a         
          max. resid. fock norm         =  6.701D-03 for orbital    631a         
          irrep a   : virtual orbitals shifted by    0.02065
          Multipoles:
             mktayshl: transb used        2667 times; moments skipped     0
             mktayaux: transb used       33239 times; moments skipped     0


 

Jandir

  • Jr. Member
  • **
  • Posts: 21
  • Karma: +0/-0
Re: faults in run with jobbsse
« Reply #3 on: March 24, 2014, 12:16:58 pm »
dscf.out

operating system is UNIX !
 hostname is         r28n24

   OpenMP run-time library returned nthreads = 12

 dscf (r28n24) : TURBOMOLE V6.4 3 Apr 2012 at 09:58:30
 Copyright (C) 2012 TURBOMOLE GmbH, Karlsruhe


    2014-03-21 14:56:07.840

 Program dscf can not use the RI-J approximation.
 Please either use the ridft program or delete the option $rij
 from your control file.



 MODTRACE: no modules on stack

  Option $rij found!
 dscf ended abnormally

antti_karttunen

  • Sr. Member
  • ****
  • Posts: 200
  • Karma: +1/-0
Re: faults in run with jobbsse
« Reply #4 on: March 24, 2014, 02:12:04 pm »
Hmm, one reason could be that jobbsse somehow neglects your -ri switch and runs normal dscf (which then crashes due to the presence of $rij keyword). I don't know if version 6.5 could fix this. But I'm also a bit confused by your SGE script. While running both jobex -ri and jobbsse -ri in the same script might be OK from a technical point of view, it surely complicates troubleshooting, especially if you are running jobbsse for the first time. Perhaps it's best to create a new (clean) directory, run define and then execute just jobbsse -ri to see if everything goes OK.

Antti

Jandir

  • Jr. Member
  • **
  • Posts: 21
  • Karma: +0/-0
Re: faults in run with jobbsse
« Reply #5 on: March 24, 2014, 02:46:01 pm »
Ok. Right now I`m making another attempt with following structure:

# jobex -ri -c 10
# aoforce > freq.out
  jobbsse -opt -energy -level dft -setup &
  dscf  > dscf.out

## ********** GEOMETRY OPTIMIZATION CC2 ********************************
#    jobex -ri -level cc2 -c 700
#    jobex -ri -level mp2 -c 700
## *********************************************************************
## ********** SINGLE POINT CC2 *****************************************
#    dscf  > dscf.out
#    aoforce > aoforce.out
#    ricc2 > adc2.out
#    jobex -c 4000 > jobex.out