Author Topic: PEECM-RIDFT Ended Abnormally  (Read 1929 times)

naustin1

  • Newbie
  • *
  • Posts: 6
  • Karma: +0/-0
PEECM-RIDFT Ended Abnormally
« on: June 12, 2015, 07:40:52 pm »
Hello,

I'm having an issue running running ridft using PEECM.  The error I get is:

Code: [Select]
# of cells of 1st FMM zone:        123
 # of PCs in 1st FMM zone:         4960
 quit: process                      0  failing ...
 MODTRACE: no modules on stack

 Cell mismatch in nfpcstf (3)
 ridft ended abnormally

I'm not sure what this "cell mismatch" is referring to. If you look at the output below, I made sure that the PC cluster (the section removed from the lattice) has the same coordinates as the QM cluster.

I also have a question related to the charge of the system: In the EHT guess if in your coord file you have a QM system surrounded by cations (represented by ECPs) is the charge of the system defined by the charge of the cations only? Or the total charge of the QM system and cations?
What about a coord file with the QM, ECPs, and point charges ? How would you define the charge of this system?
 
Thanks.

Code: [Select]
         +--------------------------------------------------+
         |       EMBEDDING IN PERIODIC POINT CHARGES       
         |             M. Sierka and A. Burow               |
         +--------------------------------------------------+

 
    +------------------------ Parameters ------------------------+
    -------------------------------------------------------------
      Maximum multipole moment used               : 25
      Multipole precision parameter               :  1.0000E-08
      Minimum separation between cells            :  2.0000E+00
    +-----------------------------------------------------------+
 
 Charge Neutrality tolerance :   0.1000000D-04
 Total charge                :   0.0000000D+00
 
 Cell vectors (au):
                7.87713442          0.00000000          0.00000000
                0.00000000          7.87713442          0.00000000
                0.00000000          0.00000000          7.87713442

         +--------------------------------------------------+
         | Coordinates of all systems centered about cell 0 |
         +--------------------------------------------------+

 Redefined unit cell content (au):
     Label               Cartesian Coordinates            Charge
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   -2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081    2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360    2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   -2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360    2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   -2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   -2.000000
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081    2.000000

 PC cluster transformed to the center of cell 0 (au):
     Label               Cartesian Coordinates         Cell Indices
      Ni      -1.96928360   -1.96928360    5.90785081  -1  -1   0
      Ni      -1.96928360    5.90785081    5.90785081  -1   0   0
      Ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081   0   0   0
      O        1.96928360    5.90785081    5.90785081   0   0   0
      Ni       5.90785081   -1.96928360    5.90785081   0  -1   0
      O        1.96928360   -1.96928360    5.90785081   0  -1   0
      O        5.90785081    1.96928360    5.90785081   0   0   0
      O       -1.96928360    1.96928360    5.90785081  -1   0   0
      Ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081   0   0   0
      O        5.90785081    5.90785081    1.96928360   0   0   0
      O       -1.96928360    5.90785081    1.96928360  -1   0   0
      Ni       1.96928360    5.90785081    1.96928360   0   0   0
      O        5.90785081   -1.96928360    1.96928360   0  -1   0
      Ni       5.90785081    1.96928360    1.96928360   0   0   0
      O       -1.96928360   -1.96928360    1.96928360  -1  -1   0
      Ni       1.96928360   -1.96928360    1.96928360   0  -1   0
      Ni      -1.96928360    1.96928360    1.96928360  -1   0   0
      O        1.96928360    1.96928360    1.96928360   0   0   0
      O        9.84641802   -1.96928360    5.90785081   1  -1   0
      O        9.84641802    5.90785081    5.90785081   1   0   0
      Ni       9.84641802    1.96928360    5.90785081   1   0   0
      Ni       9.84641802    5.90785081    1.96928360   1   0   0
      Ni       9.84641802   -1.96928360    1.96928360   1  -1   0
      O        9.84641802    1.96928360    1.96928360   1   0   0
      O       -1.96928360    9.84641802    5.90785081  -1   1   0
      O        5.90785081    9.84641802    5.90785081   0   1   0
      Ni       1.96928360    9.84641802    5.90785081   0   1   0
      Ni       5.90785081    9.84641802    1.96928360   0   1   0
      Ni      -1.96928360    9.84641802    1.96928360  -1   1   0
      O        1.96928360    9.84641802    1.96928360   0   1   0
      Ni       9.84641802    9.84641802    5.90785081   1   1   0
      O        9.84641802    9.84641802    1.96928360   1   1   0

 QM cluster transformed to the center of cell 0 (au):
          Atom               Cartesian Coordinates
           ni      -1.96928361   -1.96928361    5.90785081
           ni      -1.96928361    5.90785081    5.90785081
           ni       5.90785081    5.90785081    5.90785081
           o        1.96928360    5.90785081    5.90785081
           ni       5.90785081   -1.96928361    5.90785081
           ni       1.96928360   -1.96928361    5.90785081
           o        5.90785081    1.96928360    5.90785081
           ni      -1.96928361    1.96928360    5.90785081
           ni       1.96928360    1.96928360    5.90785081
           ni       5.90785081    5.90785081    1.96928361
           ni      -1.96928361    5.90785081    1.96928361
           ni       1.96928360    5.90785081    1.96928361
           ni       5.90785081   -1.96928361    1.96928361
           ni       5.90785081    1.96928360    1.96928361
           ni      -1.96928361   -1.96928361    1.96928361
           ni       1.96928360   -1.96928361    1.96928361
           ni      -1.96928361    1.96928360    1.96928361
           ni       1.96928360    1.96928360    1.96928361
           ni       9.84641801   -1.96928361    5.90785081
           ni       9.84641801    5.90785081    5.90785081
           ni       9.84641801    1.96928360    5.90785081
           ni       9.84641801    5.90785081    1.96928361
           ni       9.84641801   -1.96928361    1.96928361
           ni       9.84641801    1.96928360    1.96928361
           ni      -1.96928361    9.84641801    5.90785081
           ni       5.90785081    9.84641801    5.90785081
           ni       1.96928360    9.84641801    5.90785081
           ni       5.90785081    9.84641801    1.96928361
           ni      -1.96928361    9.84641801    1.96928361
           ni       1.96928360    9.84641801    1.96928361
           ni       9.84641801    9.84641801    5.90785081
           ni       9.84641801    9.84641801    1.96928361
 
 Extensions and centers of shell-pairs:
  number of shells with a single center:      480
  number of shells with double centers:        12

 Size of the simulation box:      7.87713 a.u.
 Radius of 1st FMM zone:         23.63140 a.u.
 Radius of QM cluster:           20.92333 a.u.
 Radius of PC cluster:            8.58391 a.u.
 Final radius of 1st FMM zone:   23.63140 a.u.

 # of cells of 1st FMM zone:        123
 # of PCs in 1st FMM zone:         4960
 quit: process                      0  failing ...
 MODTRACE: no modules on stack

 Cell mismatch in nfpcstf (3)
 ridft ended abnormally



Arnim

  • Developers
  • Sr. Member
  • *
  • Posts: 218
  • Karma: +0/-0
Re: PEECM-RIDFT Ended Abnormally
« Reply #1 on: June 18, 2015, 12:12:56 pm »
Hi there,

thanks to Asbjörn M. Burow, we could now make a HOWTO for PEECM online available:
http://www.cosmologic.de/turbomole/support-download/documentation-how-to.html

Cheers,

Arnim